阴阳是宇宙间的普遍规律, 是万事万物的纲领和变化之源, 是生长和毁灭的根本, 也是一切事物新生、成长、变化、消亡的基本规律。所以治疗疾病时， 必须探求阴阳这个根本。
用自然界的变化来比喻， 阳气上浮，聚集成为天，阴气重浊下降，聚集为地。阴沉静，阳焦躁；阳主生发，阴主成长；阳主萧杀，阴主收敛。阳能生产力量，阴能赋予形体。寒达到了极致就会转化为热，热达到了极致就会转化为寒；寒气能产生浊阴，热气能产生清阳。清阳之气下降而不能上升，就会发生泄泻症。浊阴之气上升而不能下降，就会引发胀满症。这是阴阳的常异变化而导致的疾病的逆顺之别。
因此，大自然的清阳之气上升成为天，浊阴之气下降成为地；第七蒸腾上升成为云，天气凝结下降而为雨；雨是由地气上升后所成的云转变而来的，云是由天气所蒸发的水汽形成的。人体也是如此，清阳之气出于耳、目、口、鼻等上窍，浊阴之气出于前后阴等下窍；清阳之气向外发泄于腠理，浊阴之气内归于五脏；清阳之气充实四肢，浊阴之气归流于六腑。
以水火划分阴阳，水为阴，火为阳。阳是无形的气，阴是有形的味，食物属阴。食物能充养身体，而形体的生成又必须依靠气化的功能，功能是由精产生的，也就是说精可以化生功能。精又由气化所产生，因此形体的充养全部依靠饮食，饮食经过生化而形成精，再经过气化作用充养形体。加入饮食不节制，就会损害形体，功能不正常也会亏耗经气，精可以产生功能，饮食没有节制，功能也会受损害。
味属阴，因此从下窍排除；气属阳，因此从上窍泄出。味浓厚的属纯阴，味清淡的属阴中之阳；气坚厚的属纯阳，气薄弱的属阳中之阴。味浓厚可以泻下，味清淡则课通利；气薄弱能参泻邪气，气坚厚能助阳生热。
阳气亢盛会使元气过度消耗，阳气正常会使元气旺盛，因为过强的阳气会损伤元气，而元气却依靠正常的阳气，所以过盛的阳气会消耗元气，正常的阳气能补充元气。气味之中，凡气味辛甘并具有发散作用的属阳，气味酸苦而又通泻作用的属阴。人体内的阴阳使相对平衡的，假如阴气偏胜。那么阳气就会受到损伤而发病；如果阳气偏盛，阴气就会损伤而发病。阳气偏胜就会表现为热性病，阴偏胜就会表现为寒性病。寒到极致，反而会出现热象；热到极致也会出现寒象。
寒邪会损伤形体，热邪会损伤气分。气分受到损伤，会引发疼痛；形体受到损伤，会出现肿胀。因此如果疾病时先疼痛后肿胀，就是气分受到的损伤，而后牵涉形体；先肿胀而后疼痛是形体先受到损伤，而后应象气分。
体内风邪偏胜，会出现痉挛动摇的现象；热邪偏胜，会出现红肿；燥邪偏胜，会出现干枯；寒邪偏胜，会出现浮肿；湿邪偏胜，会出现濡泻。
自然界有春、夏秋、冬四季的更替和木火土金水五行的变化，而产生了寒、暑、燥、湿、风五种气候，形成了生、长、化、收藏的规律。人有肝、心、脾、肺、肾五脏，五脏之气化生五志，产生了喜怒悲忧恐五种情绪变化。喜怒等情绪变化，会损伤气，寒暑外侵，会损伤形体。暴怒伤人阴气，暴喜伤人阳气。气逆上行，充满经脉，则神气浮越，脱离形体。因此，喜怒无节制，或者过寒过热，都会危及生命。
阴极可以转化为阳，阳极可以转化为阴。因此，冬季受到寒邪侵袭，第二年春天就容易得温病；春天受到风邪侵袭，夏季就容易换飧泻病；夏季受到热邪侵袭，秋天容易患疟疾；秋季受到湿邪侵袭，冬天就容易咳嗽。
